La Cancelleria diocesana è l'Ufficio a cui sono assegnati i compiti previsti dai cann. 482-491 del Codice di diritto canonico. È affidata alla responsabilità del Cancelliere vescovile, coadiuvato dal Vice Cancelliere e da uno o più Collaboratori, che rivestono le funzioni di Notaio di Curia nei termini precisati dal decreto di nomina (cf cann. 483-485).
La Cancelleria fa riferimento direttamente al Moderator Curiae. La Cancelleria ha il compito di curare lo svolgimento di adempimenti relativi ai seguenti ambiti: Predisposizione degli atti di Curia - Provvisione di uffici - Ordinazioni e vita del clero - Archiviazione - Certificazione - Coordinamento e segreteria.
Per l'espletamento dei propri compiti, la Cancelleria disporrà al proprio interno di un'adeguata competenza in materia canonistica e si manterrà in stretto contatto con l'Avvocatura della Diocesi di Milano, particolarmente per quanto concerne le competenze che interessano l'ambito civile o concordatario.
È collegato con la Cancelleria, il Servizio per la promozione del sostegno economico alla Chiesa, che ha i compiti previsti dalle apposite disposizioni della Conferenza Episcopale Italiana.